Gensokyo – Ein abgelegenes, von der Außenwelt isoliertes Land, in dem Menschen und Youkai Seite an Seite leben.

Eines Tages entdeckt die Schreinjungfrau des Hakurei-Schreins, Reimu Hakurei, mysteriöse Säulen, die an verschiedenen Orten in Gensokyo aufragen.

Diese Säulen signalisierten den Beginn des Zauberkarnevals, eines von Yukari Yakumo veranstalteten Festivals, bei dem man seine Zauberkarten im Kampf aufs Spiel setzen muss.

Um die wahren Absichten von Yukari Yakumo zu untersuchen, der so plötzlich den Zauberkarneval initiierte, schließt sich Reimu Hakurei dem Kampf um Zauberkarten an.